json解析图片_WDL教程解析helloworld与一些小坑

WDL教程-解析Hello world

与一些小坑

新的学期 再接再厉

介绍了一个初次运行的例子&＃xff0c;但是即便是Hello world中我们也是有一些东西可以展开聊一聊的。在这一篇当中&＃xff0c;我们重点说说几个细节。

01

WDL文件解析

workflow Whello{String abc call hello{ input: abc&＃61;abc } call gzip{ input: txt&＃61;hello.echo_out_file }}task hello { String abc command { echo ${abc} >a.txt } output { File echo_out_file &＃61; "a.txt" }}task gzip { File txt command { gzip -c ${txt} >a.txt.gz } output { File gzip_out&＃61;"a.txt.gz" }}

1. 在这个WDL中&＃xff0c;首先定义了一个workflow,"Whello",它有一个输入&＃xff0c;字符串“abc”&＃xff0c;它一共call了两个tasks&＃xff0c;“hello”和“gzip”。task “hello”的输入是workflow的输“abc”&＃xff0c;task “gzip”的输入是一个文件&＃xff0c;是来自task “hello”的“echo_out_file”。

2. 在task hello中&＃xff0c;定义了输入字符串“abc”&＃xff0c;与workflow的adc相比&＃xff0c;类似于全局变量与局部变量概念。它的command是执行echo命令&＃xff0c;输出则是定义了“a.txt”

3. 在task gzip中&＃xff0c;定义了输入文件“txt”&＃xff0c;它的command是gzip压缩输出文件。

4. 细心的话&＃xff0c;可以注意到&＃xff0c;workflow叫“Whello”&＃xff0c;有个task叫“hello”&＃xff0c;除了能看出来我取名字的随意程度之外&＃xff0c;不难想到workflow与task不能同名。

02

json文件解析

{ "Whello.abc": "abc"}

1. workflow中的变量可以通过这个json格式的输入文件来传入。

2. json文件的格式为"workflow名字.workflow变量名"&＃xff1a;"变量的值"。

3. 如果你习惯在workflow和task取名的时候使得“.”符号的话&＃xff0c;请尽快改掉这个习惯吧。

4. 记得检查json的逗号……

03

1. 运行结束会在当前目录生成cromwell-executions和cromwell-workflow-logs两个文件夹。

2. cromwell-executions目录结构为cromwell-executions//<随机码job id>//executions,所有的输入会在这里

3. cromwell-executions/>/<随机码job id>/>/inputs&＃xff0c;在这里文件夹中是每一个task的输入。

   这里额外强调一下&＃xff0c;每一步的File类型的input都会保存在这里&＃xff0c;不管task是流程的第几步&＃xff0c;都是如此。默认是硬链接。平时大家软链可能用的多一些&＃xff0c;硬链虽然看上去像是普通文件&＃xff0c;du查看也占存储空间&＃xff0c;但实际上并不会浪费空间。

以上就是cromwell的安装、与初运行。后面我们将对一些细节进行补充说明。

过往教程&＃xff1a;

WDL教程-基本概念篇

WDL教程-cromwell篇

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