gff文件用什么打开_GFF3格式文件

GFF3是GFF注释文件的新标准。文件中每一行为基因组的一个属性&＃xff0c;分为9列&＃xff0c;以TAB分开。

依次是&＃xff1a;

1. reference sequence&＃xff1a;参照序列

指出注释的对象。如一个染色体&＃xff0c;克隆或片段。可以有多个参照序列。

该id的取名不能以’>’开头&＃xff0c;不能包含空格。

2. source &＃xff1a;来源

注释的来源。如果未知&＃xff0c;则用点(.)代替。

3. type      &＃xff1a;类型

属性的类型。建议使用符合SO惯例的名称(sequence ontology&＃xff0c;参看[[Sequence Ontology Project]]) ,如gene&＃xff0c;repeat_region&＃xff0c;exon&＃xff0c;CDS等。

4. start position       &＃xff1a;起点

属性对应片段的起点。从1开始计数。

5. end position          &＃xff1a;终点

属性对应片段的终点。一般比起点的数值要大。

6. score    &＃xff1a;得分

对于一些可以量化的属性&＃xff0c;可以在此设置一个数值以表示程度的不同。如果为空&＃xff0c;用点(.)代替。

7. strand  &＃xff1a;链

“&＃xff0b;”表示正链&＃xff0c;“&＃xff0d;”表示负链&＃xff0c;“.”表示不需要指定正负链。

8. phase   &＃xff1a;步进

对于编码蛋白质的CDS来说&＃xff0c;本列指定下一个密码子开始的位置。可以是0&＃xff0c;1或2&＃xff0c;表示到达下一个密码子需要跳过的碱基个数。

对于其它属性&＃xff0c;则用点(.)代替。

9. attributes    &＃xff1a;属性

一个包含众多属性的列表。格式为“标签&＃xff1d;值”(tag&＃61;value)。不同属性之间以分号相隔。可以存在空格&＃xff0c;不过若有“,&＃61;;”则用URL转义(URL escaping rule)&＃xff0c;同时TAB也需要转换为“ ”表示。所有以大写字幕开头的标签被保留&＃xff0c;用于大众认可的用途&＃xff0c;而以小写字母开头的标签则根据自己安排随意应用。

下列的标签已定义&＃xff1a;

ID

指定一个唯一的标识。对属性分类是非常好用(例如查找一个转录单位中所以的外显子)。

Name

指定属性的名称。展示给用户的就是该属性。。Name的值在可视化的时候得到展示。因此&＃xff0c;Name可以根据自己展示的需要随意取值。

Alias

名称的代称或其它。当存在其它名称时使用该属性。

Parent

指明feature所从属的上一级ID。用于将exons聚集成transcript&＃xff0c;将transripts聚集成gene。

Target

指明比对的目标区域&＃xff0c;一般用于表明序列的比对结果。格式为”target_id start end [strand]“,其中strand是可选的(“&＃43;”或”-”), target_id中如果包含空格&＃xff0c;则要转换成’ ′。

Gap

比对结果的gap信息&＃xff0c;和Target一起&＃xff0c;用于表明序列的比对结果。

Note

描述性的一些说明。

Is_circular

表明featrue是否为环化的。用于环状基因组序列。

同一个tag如果有多个值&＃xff0c;则多个值之间使用逗号隔开&＃xff0c;比如&＃xff1a;

Parent&＃61;AF2312,AB2812,abc-3

Alias&＃61;M19211,gna-12,GAMMA-GLOBULIN

能够使用多个值的tag有&＃xff1a;Parent, Alias, Note, Dbxref and Ontology_term。

参考&＃xff1a;http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240102uxh2.html