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在构建期间在Dockerfile中激活和切换Anaconda环境

如何解决《在构建期间在Dockerfile中激活和切换Anaconda环境》经验,求助如何解决?

我已经尝试了好几个小时,无法在构建过程中弄清楚如何在Dockerfile中激活和切换anaconda环境。

这是初始代码:

FROM nvidia/cuda:10.1-cudnn7-devel-ubuntu16.04

# Set user
ENV SETUSER myuser

RUN useradd -m $SETUSER
USER $SETUSER
WORKDIR /home/$SETUSER

# Install Anaconda
RUN wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.03-Linux-x86_64.sh
RUN bash Anaconda3-2019.03-Linux-x86_64.sh -b
RUN rm Anaconda3-2019.03-Linux-x86_64.sh

# Set path to conda
ENV CONDA_ENV_NAME mynewenv
RUN /home/$SETUSER/anaconda3/condabin/conda create -q --name $CONDA_ENV_NAME python=3.6 && \
    /home/$SETUSER/anaconda3/condabin/conda clean --yes --all
RUN /home/$SETUSER/anaconda3/condabin/conda activate base #Just for testing anaconda environment

首先,Docker中的anaconda会抱怨外壳设置不正确,因此在conda create命令之后添加了:

RUN /home/$SETUSER/anaconda3/condabin/conda init bash
RUN /bin/bash -c "source /home/$SETUSER/.bashrc"
RUN /home/$SETUSER/anaconda3/condabin/conda activate base

在构建docker镜像后运行3个命令即可(即在调用docker run container-name之后交互运行),但是由于某种原因,在构建容器时不起作用。我发现$ PATH变量在构建期间未更新,因此在构建时和构建后比较我的$ PATH。

ENV PATH /home/$SETUSER/anaconda3/envs/$CONDA_ENV_NAME/bin:$PATH
ENV PATH /home/$SETUSER/anaconda3/condabin:$PATH
ENV PATH /home/$SETUSER/anaconda3/bin:$PATH
RUN conda init bash
RUN /bin/bash -c "source /home/$SETUSER/.bashrc"
RUN conda activate base

现在,构建时的Docker $ PATH和构建后运行容器时进行交互修改时的$ PATH是相同的,但是我仍然遇到了shell无法正确设置的错误。

CommandNotFoundError:您的外壳尚未正确配置为使用“ conda activate”。要初始化您的shell,请运行$ conda init。当前支持的shell是:-bash-fish-tcsh-xonsh-zsh-powershell有关更多信息和选项,请参见'conda init --help'。重要信息:运行“ conda init”后,您可能需要关闭并重新启动Shell。

为什么这不起作用???

我已经看到使用miniconda docker模板可能有解决方法,但是我不能使用它。如何在Docker构建过程中创建和切换anaconda环境?谢谢!


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