第一步,得到单胞的POSCAR和POTCAR
第二部,推导CDW超胞与单胞的晶格矢量关系,写TRANSMAT.in文件,如下
Read transformation matrix from the TRANSMAT.in file if it exists. 第一行是注释行
2 0 0 # must be three integers
0 3 0 # must be three integers
0 0 3 # must be three integers
使用vaspkit 401生成超包的POSCAR
并写一个标准的KPOINTS
Kpoints from vasprun.xml
0
Gamma
13 13 1
第三步:开始进行结构优化,ISIF=2, 固定晶格矢量,INCAR如下
SYSTEM=2D_VSe2
ISTART=0
NWRITE=2
ENCUT=500
GGA=PE
NSW=200
ISIF=2
ISYM=2
NBLOCK=1
KBLOCK=1
IBRION=2
NELM = 80
EDIFF = 1E-05
EDIFFG = -0.01
ALGO = Normal
LDIAG=.True.
LREAL=.FALSE.
ISMEAR=0
SIGMA=0.02
ICHARG=2
LPLANE=.TRUE.
NPAR=4
LSCALU = .FALSE.
NSIM=4
LWAVE=.FALSE.
LCHARG=.FALSE.
ICORELEVEL=1
从输出文件查看计算是否达到精度要求
grep "reached required accuracy" output.419046
查看体系总能量
grep TOTEN OUTCAR | tail -n 1
比较优化前和优化后晶体结构差别
vim -O CONTCAR POSCAR
方法一:由于4x4均匀体系,布里渊区只有缩放,手动缩小倍数布里渊区计算,没有能带折叠
所以进行静态计算
SYSTEM = 2D_VSe2
ISTART = 0
NWRITE=2
PREC=Accurate
ENCUR=500
GGA=PE
NSW=0
ISIF=2
ISYM=2
NBLOCK=1
KBLOCK=1
IBRION=-1
NELM=80
EDIFF=1E-05
EDIFFG=-0.01
ALGO= Normal
LDIAG=.TRUE.
LREAL=.FALSE.
ISMEAR=0
SIGMA=0.02
ICHARG=2
LPLANE=.TRUE.
NPAR = 4
LSCALU = .FALSE.
NSIM = 4
LWAVE = .TRUE.
LCHARG = .TRUE.
ICORELEVEL=1
KPOINTS用标准
Kpoints from vasprun.xml
0
Gamma
16 16 1
得到自洽的电荷密度和波函数文件,再进行一次能带计算
SYSTEM = 2D_VSe2
ISTART = 1
NWRITE=2
PREC=Accurate
ENCUR=500
GGA=PE
NSW=0
ISIF=2
ISYM=2
NBLOCK=1
KBLOCK=1
IBRION=-1
NELM=80
EDIFF=1E-05
EDIFFG=-0.01
ALGO= Normal
LDIAG=.TRUE.
LREAL=.FALSE.
ISMEAR=0
SIGMA=0.02
ICHARG=11
LPLANE=.TRUE.
NPAR = 4
LSCALU = .FALSE.
NSIM = 4
LWAVE = .FALSE.
LCHARG = .FALSE.
ICORELEVEL=1
LORBIT=11
布里渊区用缩小4倍的
K-Path Generated by VASPKIT.20
Line-Mode
Reciprocal0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 GAMMA 0.1250000000 0.0000000000 0.0000000000 M 0.1250000000 0.0000000000 0.0000000000 M 0.0833333333 0.0833333333 0.0000000000 K 0.0833333333 0.0833333333 0.0000000000 K 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 GAMMA
画图显示
方法二
结构优化后,进行一次能带反折叠计算
INCAR
SYSTEM = VSe2
ISTART = 1
LREAL = F
PREC = N
LWAVE = .TRUE.
LCHARG = F
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.05
NELM = 60
NELMIN = 6
EDIFF = 1E-08
由于之前结构优化已经产生了超包,这里需要准备以下几个文件
用于产生超胞的变化矩阵TRANSMAT.in文件(可选文件)。我们先看看TRANSMAT.in的格式
Read transformation matrix from the TRANSMAT.in file if it exists. 第一行是注释行
4 0 0 # must be three integers
0 4 0 # must be three integers
0 0 0 # must be three integers
原始晶包的KPOINTS文件
KPATH for MoS2
20
Line mode
Rec
0.0000000 0.5000000 0.0000000 # M
0.3333333 0.3333333 0.0000000 # K0.3333333 0.3333333 0.0000000 # K
0.0000000 0.0000000 0.0000000 # GAMMA
第三步:cp SUPERCELL.vasp POSCAR和cp TRANSMAT TRANSMAT.in(当TRANSMAT.in文件不存在时), 并运行vaspkit-281生成KPOINTS文件;
这里生成的KPOINTS就是新晶胞的KPOINTS文件
第四步:提交vasp作业;
第五步:运行vaspkit-282;
第六步:最后,可以利用vaspkit/examples/band_unfolding/eps_plot.py脚本画图