作者:广东工业大学普通话_333 | 来源:互联网 | 2024-11-18 05:19
在RStudio中,我尝试使用EnhancedVolcano包绘制火山图,运行了以下代码:
EnhancedVolcano(res, lab = rownames(res), x = 'Log2foldchange', y = 'pvalue', xlim = c(-8, 8), title = 'Macrophage', pCutoff = 10e-16, FCcutoff = 1.5, pointSize = 3.0, labSize = 3.0)
但遇到了以下错误:
Error in EnhancedVolcano(toptable = data.frame(results), x = 'log2fc'): log2fc is not numeric!
我仔细检查了我的Excel文件,所有数据看起来都是正确的。为了进一步排查问题,我建议进行以下步骤:
- 确保输入数据框中的'Log2foldchange'列确实是数值类型。可以使用
str(res)
或class(res$Log2foldchange)
来检查。 - 如果'Log2foldchange'列包含非数值字符,可以使用
as.numeric(as.character(res$Log2foldchange))
将其转换为数值类型。 - 检查是否有NA值或空值,这些也可能导致错误。可以使用
na.omit(res)
来删除含有NA值的行。
此外,附上我的数据文件截图以供参考:
任何帮助都将不胜感激!