本周最新文献速递20210613

本周最新文献速递20210613

文献 一

文献题目&＃xff1a; Leveraging supervised learning for functionally informed fine-mapping of cis-eQTLs identifies an additional 20,913 putative causal eQTLs

不想看英文题目&＃xff1a; 利用监督学习对顺式 eQTL 进行功能性精细定位&＃xff0c;鉴定了额外的 20,913 个因果 eQTL

杂志和影响因子&＃xff1a; Nat Commun (IF: 12.121; Q1)

研究意义&＃xff1a; GWAS 发现了大多数表型相关的非编码变异位点&＃xff0c;但目前对非编码变异位点的功能注释十分有限。最常见的方法是通过实验评估变异位点对基因表达的影响&＃xff0c;但这种方式较为低效。因此&＃xff0c;利用现有的高通量数据对非编码变异位点进行功能预测&＃xff0c;有助于因果变异位点的推断。

结论&＃xff1a;

1&＃xff09; 作者首先构建了随机森林分类器&＃xff0c;纳入的特征变量包括&＃xff1a;807 个二分类功能注释&＃xff08;细胞类型特异性组蛋白修饰、非细胞类型特异性功能注释&＃xff09;、5313个basenji 得分、转录起始位点距离&＃xff08;TSS&＃xff09;。随机森林分类器输出的分数&＃xff08;EMS&＃xff09;可反映变异位点为因果 eQTL的概率&＃xff1b;

2&＃xff09;与TSS、DeepSEA、CADD、GERP、ncER和Fathmm等相比&＃xff0c;EMS的性能表现更好&＃xff0c;可以富集到更多的因果变异位点&＃xff0c;用GTEx v8、MPRA、raQTLs和UKBB数据集均能支持此结论&＃xff1b;

3&＃xff09;利用 EMS得分进行精细定位&＃xff0c;以PIP表示变异位点具有因果性的后验概率&＃xff0c;比起前人的方法PIP_unif&＃xff0c;PIP_EMS可识别出更多的因果 eQTL;

4&＃xff09;由于变异位点之间高度连锁&＃xff0c;以_CITED4_基因上的几个变异位点为例&＃xff0c;传统的共定位方法无法鉴别出哪个位点具有因果性&＃xff0c;采用EMS方法&＃xff0c;可识别出rs35893233具有最高的后验概率(PIP_EMS &＃61; 0.956&＃xff09;&＃xff0c;该位点为SPI1的结合基序&＃xff0c;参与骨髓分化&＃xff0c;可解释中性粒细胞计数的生物学过程&＃xff0c;说明EMS方法可有效鉴别出前人未发现的因果变异位点&＃xff1b;

文章链接&＃xff1a;

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34099641/

doi: 10.1038/s41467-021-23134-8

公开的资料&＃xff1a;

EMS score:
https://www.finucanelab.org/data

CADD v1.4 and GERP scores:
https://hail.is/

ncER scores:
https://github.com/TelentiLab/ncER_datasets

DeepSEA v1.0 scores:
https://humanbase.readthedocs.io/en/latest/deepsea.html

Fathmm v2.3 noncoding scores:
http://fathmm.biocompute.org.uk/

MPRA data:
http://mpra.gs.washington.edu/

raQTL data:
https://osf.io/w5bzq/wiki/home/

Human transcription factor (TF) data:
http://humantfs.ccbr.utoronto.ca/download.php

The UKBB fine-mapping results:
https://www.finucanelab.org/data

code:
https://github.com/FinucaneLab/Expression_Modifier_Score/

文献 二

文献题目&＃xff1a; Single-Cell Transcriptome Analysis Uncovers Intratumoral Heterogeneity and Underlying Mechanisms for Drug Resistance in Hepatobiliary Tumor Organoids

不想看英文题目&＃xff1a; 单细胞转录组分析揭示肝胆肿瘤类器官的肿瘤异质性和耐药机制

杂志和影响因子&＃xff1a; Adv Sci (Weinh) (IF: 15.66; Q1)

研究意义&＃xff1a; 肿瘤间和肿瘤内的分子异质性是导致耐药性的主要因素。本研究通过肝胆肿瘤类器官的单细胞 RNA 测序探索肿瘤异质性和进化。

结论&＃xff1a;

1&＃xff09;收集 7 例原发性肝胆肿瘤类器官标本&＃xff0c;进行scRNA-seq 和药物筛选&＃xff0c;得到 22 505 个细胞&＃xff0c;HCC272 被鉴定为增殖阶段相关的基因&＃xff0c;在上皮间质转化得分较高&＃xff08;肿瘤侵袭和转移的潜在驱动因素&＃xff09;&＃xff0c;且具有广谱耐药性&＃xff1b;

2&＃xff09;进一步分析发现 HCC272含有高比例的 CSC 样细胞&＃xff08;比如_CD133_ 、CD44、EPCAM、ANPEP 、SOX9、OCT4_等&＃xff09;&＃xff0c;在这些细胞中&＃xff0c;CD44 &＃43;细胞的比例最高。CD44 &＃43;细胞簇与非_CD44 &＃43;细胞簇之间差异表达的基因揭示_CD44_ &＃43;可能参与了HCC272的耐药性&＃xff1b;

3&＃xff09;为了更好地了解肿瘤异质性&＃xff0c;对 7 个类器官进行差异表达&＃xff0c;发现个体间存在异质性&＃xff0c;此外&＃xff0c;有 10 个基因在 7 个类器官中共表达 (CTNNB1, HNRNPH1, ATP1B1, PPP1CB, NEAT1, MALAT1, SAT1, GAPDH, ANXA2, BRI3)。_GAPDH_属于看家基因&＃xff0c;最近的研究报道它可以通过调节糖酵解的途径促进肝脏肿瘤的发生,_NEAT1_是一种核 lncRNA&＃xff0c;可引起肝细胞癌&＃xff1b;

4&＃xff09;进一步分析发现富含_GAPDH 和_NEAT1_的簇分别通过激活 HIF-1 和 Jak-STAT 信号通路促进HCC272的耐药性&＃xff1b;

5&＃xff09;使用 TCGA 数据集进一步证明共表达基因的临床相关性&＃xff0c;发现同时高表达_GAPDH_和_NDRG1_的患者预后最差&＃xff1b;

文章链接&＃xff1a;

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34105295/

doi: 10.1002/advs.202003897

其他文献推荐

下面的文献也挺精彩的&＃xff0c;但由于下不到原文&＃xff0c;或博主时间有限&＃xff0c;没法精细解读&＃xff0c;故列出来供各位参阅&＃xff1b;
当然&＃xff0c;你们有精彩的文献想让我解读的&＃xff08;前提是一周内刚出炉的文献&＃xff09;&＃xff0c;可给我发pdf&＃xff08;然而可能种种原因&＃xff0c;我不一定有时间解读&＃xff0c;不要对我抱太高期待&＃xff09;&＃xff1b;

文献题目&＃xff1a; Polygenic prediction of atopic dermatitis improves with atopic training and filaggrin factors

杂志和影响因子&＃xff1a; J Allergy Clin Immunol (IF: 10.228; Q1)

文章链接&＃xff1a;
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34111454/

文献题目&＃xff1a; Sex-Dependent Shared and Nonshared Genetic Architecture Across Mood and Psychotic Disorders

杂志和影响因子&＃xff1a; Biol Psychiatry (IF: 12.095; Q1)

文章链接&＃xff1a;
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34099189/

文献题目&＃xff1a; Risk of Breast Cancer Among Carriers of Pathogenic Variants in Breast Cancer Predisposition Genes Varies by Polygenic Risk Score

杂志和影响因子&＃xff1a; J Clin Oncol (IF: 32.956; Q1)

文章链接&＃xff1a;
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34101481/

文献题目&＃xff1a; A machine learning method for the discovery of minimum marker gene combinations for cell-type identification from single-cell RNA sequencing

杂志和影响因子&＃xff1a; Genome Res (IF: 11.093; Q1)

文章链接&＃xff1a;
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34088715/

文献题目&＃xff1a; Epigenome-Wide Association Study Reveals Methylation Loci Associated With Offspring Gestational Diabetes Mellitus Exposure and Maternal Methylome

杂志和影响因子&＃xff1a; Diabetes Care (IF: 16.019; Q1)

文章链接&＃xff1a;
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34116986/

本人&＃xff08;橙子牛奶糖&＃xff0c;即陈文燕&＃xff09;必须在此说明&＃xff0c;如果有任何重大的错误&＃xff0c;无论是文字上或意义上的&＃xff0c;完全都是我的责任。然而我也非常欢迎批评。── 摘自《正见》

另外&＃xff0c;如果想致谢我&＃xff0c;请使用参考模版&＃xff1a;We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX