集思慧远又一QTL软件分析来啦&＃xff01;今天小编要跟大家分享的是WinQTLCart。
WinQTLCart是北卡罗来纳州立大学发布的一款在windows下运行的QTL软件&＃xff0c;目前最新版本为V2.5_011。WinQTLCart可以适用BC1&＃xff0c;DH&＃xff0c;RIL&＃xff0c;F2等群体&＃xff0c;但是不能使用CP群体进行分析&＃xff0c;可以使用IM(区间作图法)&＃xff0c;CIM(复合区间作图法)&＃xff0c;MIM(多区间作图法)进行QTL的分析&＃xff0c;这个软件运行时间比较长&＃xff0c;对于标记数量过多的分析&＃xff0c;最好不要在运算的同时&＃xff0c;运行其它大型程序&＃xff0c;可能会引起死机。
首先下载软件WinQTLCart&＃xff0c;下载网址&＃xff1a;https://brcwebportal.cos.ncsu.edu/qtlcart/WQTLCart.htm。
鼠标双击WinQTLCart.exe文件即可运行。
1、打开软件&＃xff0c;查看分析页面情况。
New&＃xff1a;从原始文本文件创建一个新的源数据文件。
Simu&＃xff1a;打开模拟数据对话框。
Dsum&＃xff1a;汇总活动源数据文件的统计信息并显示在“文本”窗口中。
Result&＃xff1a;在“图形”窗口中查看结果文件&＃xff0c;请参见图形窗口。
DIR&＃xff1a;设置默认工作目录。
DrawChr&＃xff1a;显示并打印当前活动的.MCD文件中染色体的图形显示。
IM&＃xff1a;interval Mapping&＃xff0c;区间作图法。
CIM&＃xff1a;复合区间作图法。
MIM&＃xff1a;多区间作图法。
NotePad&＃xff1a;打开记事本&＃xff0c;使用记事本作为方便的文本编辑器来帮助格式化源数据文件。
2、染色体图显示。选择Tools->DrawChrom可以展示遗传图谱信息。然后调整图片进行&＃xff0c;最后输出。
3、点击Source Files&＃xff0c;然后打开输入数据文件*.mcd文件。
4、Importing files功能&＃xff0c;除非您正在处理的文件已另存为WinQTLCart映射源数据文件(具有.MCD扩展名的文件)或已经为.MCD格式&＃xff0c;否则您需要将它们导入WinQTLCart。WinQTLCart将读取文件&＃xff0c;验证数据格式&＃xff0c;并自动将文件保存为.MCD格式。
5、WinQTLCart可以从以下应用程序导入文件&＃xff1a;MapMarker/QTL .MAP(图谱文件)&＃xff0c;.MAS(图谱文件)&＃xff0c;.RAW输入数据&＃xff0c;或者QTL Cartographer的.INP图谱和数据结合文件&＃xff0c;或者.MAP图谱文件&＃xff0c;.CRO输入数据&＃xff1b;或者excel文件
注意&＃xff1a;如果WinQTLCart显示一条错误消息&＃xff0c;指出文件格式无效或无法识别&＃xff0c;则扩展名可能是错误的&＃xff0c;或者文件的格式使其无法在WinQTLCart中使用。在记事本中打开文件&＃xff0c;并将其与WinQTLCart目录中的示例文件之一进行比较。
6、导入源数据文件&＃xff0c;选择源文件类型&＃xff0c;选择inp类型文件作为输入文件&＃xff0c;然后点击下一步。
7、点击下一步&＃xff0c;分别导入map图谱文件和cross数据文件->给源文件命名->设置目录->然后点击完成&＃xff0c;导入文件完成。关于输入WinQTLCart将创建的源数据文件的文件名&＃xff0c;也无需指定扩展&＃xff0c;WinQTLCart会解决这个问题&＃xff0c;如果选中“从交叉数据文件推断图谱信息”&＃xff0c;WinQTLCart将使用Emap函数从交叉数据文件推断图谱信息。
8、如果使用Emap功能推断图谱信息&＃xff0c;则将弹出Emap参数设置对话框。
单击按钮更改Emap功能的随机种子。链接映射方法的值可以为10、11、12或13。隔离测试大小可以为0.01到0.20。链接测试大小可以为0.15到0.49。现在&＃xff0c;置换功能不起作用。作图功能可以是Haldane或Kosambi。目标功能可以是SAL或SAR。
9、使用“锚标记”设置控制组设置锚标记。单击以选择锚标记号。单击按钮参数以打开锚定标记参数集的窗口&＃xff0c;选择每个标记的标记标签&＃xff0c;染色体和在染色体上的位置(当前锚标记)。单击确定按钮以完成参数设置。
如果导入成功&＃xff0c;您将看到一个对话框&＃xff0c;提示文件已成功导入并且源数据文件已保存。如果导入无效&＃xff0c;则可能是文件格式不符合WinQTLCart期望的标准格式的原因。对于INP格式&＃xff0c;如果使用Emap推断图谱信息&＃xff0c;则需要一个交叉数据文件。
10、WinQTLCart的源数据文件具有.MCD扩展名。.MCD文件是遵循特定格式的文本文件&＃xff0c;其中包括WinQTLCart用于QTL分析的所有信息。尽管可以在WinQTLCart中打开其他文本和结果文件&＃xff0c;但是“窗体”窗格中仅显示.MCD文件信息。即使打开或切换到文本或结果文件&＃xff0c;WinQTLCart仍将继续显示在“表单”窗格中查看的最后一个.MCD文件。
11、对数据的总结页面。
最左边的部分是对数据的总结介绍&＃xff0c;中间的是对数据的查看和修改参数设置&＃xff0c;最后是对数据进行分析的参数信息。选择Interval Mapping(区间作图法)&＃xff0c;然后点击GO&＃xff0c;进行QTL分析界面。
12、在工作窗口可以查看导入的数据信息。
--type&＃xff1a;遗传图谱展示方式&＃xff0c;position指的是展示遗传图谱上每个标记的遗传距离排序&＃xff1b;interval表示数字用于标记后的间隔距离。这意味着最后一个数字(仅最后一个数字)应为零
--function&＃xff1a;1代表Haldane&＃xff1b;2代表Kosambi&＃xff1b;3代表Fixed&＃xff1b;
--units&＃xff1a;遗传距离的单位(cM)&＃xff1b;
cM(centiMorgan)&＃xff1a;很小&＃xff0c;100厘摩&＃61; 1M。
M(Morgan)&＃xff1a;每个减数分裂平均发生一次交叉的距离。
重组率(Recombination frequency)&＃xff1a;两个标记之间发生的交叉事件的百分比。&＃xff1b;
--chromosome&＃xff1a;源数据中总连锁群的数量&＃xff1b;
--maximum&＃xff1a;13&＃xff1b;指示所有源数据的染色体最大标记数。
--named&＃xff1a;Yes&＃xff0c;表示标记具有名称&＃xff1b;No&＃xff0c;绝不意味着标记将没有名称。&＃xff1b;
--start and --end&＃xff1a;使用这些标记可以开始和结束所有染色体的标记位置数据&＃xff1b;
--Chromosome&＃xff1a;指示染色体名称&＃xff0c;该染色体的标记位置数据将从下一行开始&＃xff1b;
#bycross&＃xff1a;表示交叉信息即将开始&＃xff1b;
--SampleSize&＃xff1a;表示样品数量
--Cross&＃xff1a;指示交叉类型配合设计的代码&＃xff1b;
--traits&＃xff1a;指示源数据的特征编号&＃xff1b;
--otraits&＃xff1a;指示源数据的其他特征编号。其他特征(也称为分类特征)是具有定性或分类值的特征&＃xff0c;例如性别&＃xff1b;颜色等等。其他特征可以用作因素可以在回归分析中“回归”。这意味着将对感兴趣的定量性状进行分类性状回归&＃xff0c;并将残差用作分析中的表型。
--missingtrait&＃xff1a;表示缺少特征值的符号&＃xff1b;
--case是或否。是&＃xff0c;表示所有比较均取决于大小写。绝不表示将个人&＃xff0c;标记和特征的所有名称都转换为小写以进行比较。
–TranslationTable&＃xff1a;带有表(数据的后6行)将定义标记基因型数据的翻译方式。
13、以下关于IM分析的参数设置&＃xff0c;默认设置将提供最佳的全方位参数设置&＃xff0c;尤其是对于初学者来说。
单击结果文件&＃xff0c;以选择位置并命名分析完成后将创建的.QRT文件。
单击OTraits以输入其他特征编号或编号范围。WinQTLCart将在分析中将它们用作辅助因素。(WinQTLCart的默认值为“无OTraits”)。
Walk speed(cM)&＃xff1a;1cM&＃xff0c;提高数值意味着精度较低&＃xff0c;但分析所需的时间更少。降低数值会产生更精确的结果&＃xff0c;但会花费更多时间。
整个数据集设置同样的步行速度值。单一步行速度建立了一致的规范&＃xff0c;可以根据该规范绘制数据。如果更改两次贴图运行之间的步行速度&＃xff0c;则图形显示将倾斜。
Chromosome Selection&＃xff1a;选择一个或所有染色体进行分析。
Trait Selection&＃xff1a;选择一个或所有性状包括在分析中。
Threshold&＃xff1a;LOD阈值设为3。
Permutation Times&＃xff1a;最好选择1000及以上&＃xff0c;比较可信&＃xff0c;但是运行时间较长。
设置完成后&＃xff0c;点击OK/START进行分析。
14、经过分析&＃xff0c;会产生以下文件&＃xff1a;
1)创建一个QTL映射结果文件(* .QRT)&＃xff0c;并在“图形”窗口中将其打开
2)使用EQTL函数创建QTL摘要信息文件。
3)在主窗口的“数据”窗格中显示一个确认框&＃xff0c;询问您是否要显示QTL摘要信息。
要查看“图形”窗口&＃xff0c;请通过单击主窗口工具栏上的“结果”按钮来打开WinQTLCart结果文件(扩展名为.QRT)。将打开“图形”窗口&＃xff0c;其中显示了结果文件数据的图形概述。
找出QTL的位置。超出阈值线的图峰是QTL的位置&＃xff0c;可以一次加载多个结果文件并进行比较。底部的较小图形是QTL效果窗口&＃xff0c;显示加性或显性效果或R2或TR2或S值。阈值线以上的峰表示QTL。图上的高LOD值表示良好的QTL候选对象。
右键点击窗口&＃xff0c;设置参数。
选择设置>图形中的跟踪坐标或单击。在屏幕上移动光标时&＃xff0c;请注意&＃xff0c;图形坐标显示在图形的右上角。
QTL编号&＃xff1a;设置要在文件中显示的QTL数量。
遗传力&＃xff1a;需要一个介于0.0到1.0之间的值。默认值为0.8。
Vd / Va&＃xff1a;显性方差/加性方差
Vi / Va&＃xff1a;上位方差/加性方差
分析的结果在窗口展示&＃xff1a;
ADDitive&＃xff1a;加性效应&＃xff1b;
Dominance&＃xff1a;显性效应&＃xff1b;
R2&＃xff1a;贡献率&＃xff1b;
今天的分享到这就结束了&＃xff0c;还想学习哪方面知识与技能&＃xff1f;科研还有哪些困惑疑问&＃xff1f;记得留言告诉我们哦~
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