windows平台本地化blast2.8.0（构建NR本地数据库，批量生成pssm打分矩阵）

1、下载blast&＃43;程序

2、下载nr数据库&＃xff0c;也可选择下载nt数据库或其他数据库&＃xff0c;操作一样。

3、修改环境变量并本地化blast程序

4、将自己的序列与数据库文件对比&＃xff0c;生成pssm矩阵

5、通过python程序批量生成pssm矩阵

从 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast&＃43;/LATEST/下载blast&＃43;程序
或者进入NCBI输入blast进入界面


下载到非系统盘&＃xff0c;如E&＃xff1a;\blast 并新建文件夹db&＃xff0c;后面放nr数据库使用。

地址https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/
可以下载已经格式化过的nr数据库分文件

下载完之后解压在刚才新建的db文件夹下。会得到以下文件

使用 win&＃43;r 命令进入运行界面&＃xff0c;输入sysdm.cpl进入系统环境变量设置

设置环境变量&＃xff0c;方便后续操作

并添加配置文件
新建txt文件&＃xff0c;里面输入
[NCBI]
Data&＃61;“E:\blast\data”
并把文件命名为ncbi.ini&＃xff0c;放入C:\WINDOWS目录下

我用的是psiblast&＃xff0c;打开命令行。使用cd命令切换到bin目录下

跑完之后可得到pssm矩阵
pssm矩阵实例长这个样子

#!/usr/bin/python
# -*- coding:utf-8 -*-
import os
totalSize &＃61; 0
fileNum &＃61; 0
dirNum &＃61; 0
def visitDir(path):global totalSizeglobal fileNumglobal dirNumfor lists in os.listdir(path):sub_path &＃61; os.path.join(path, lists)if os.path.isfile(sub_path):fileNum &＃61; fileNum&＃43;1 # 统计文件数量totalSize &＃61; totalSize&＃43;os.path.getsize(sub_path) # 文件总大小elif os.path.isdir(sub_path):dirNum &＃61; dirNum&＃43;1 visitDir(sub_path)
visitDir("C:/Users/cpc/Desktop/新建文件夹/dp525/")
print(fileNum)
for i in range(1,fileNum&＃43;1):os.system("E:/blast/bin/psiblast -query C:/Users/cpc/Desktop/新建文件夹/dp525/"&＃43; str(i)&＃43;"_dp.txt"&＃43;" -db nr -num_iterations 3"&＃43;" -out_ascii_pssm "&＃43;str(i)&＃43;".pssm")


参考文献&＃xff1a;linux系统下使用psi_blast生成位置特异性打分矩阵&＃xff08;PSSM)