plantcircbase:植物环状RNA数据库

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plantcircBase是一个植物环状RNA的数据库&＃xff0c;网址如下

http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/index.php

该数据库包含了以下13个物种的环状RNA信息

1. Arabidopsis thaliana

2. Gossypium arboretum

3. Gossypium hirsutum

4. Glycine max

5. Gossypium raimondii

6. Hordeum vulgare

7. Oryza sativa

8. Poncirus trifoliata

9. Solanum lycopersicum

10. Solanum tuberosum

11. Triticum aestivum

12. Tea tree

13. Zea mays

收录了来自这13个物种共98317个环状RNA&＃xff0c;利用物种对应的RNA_seq数据&＃xff0c;采用了多款生物信息学软件进行预测&＃xff0c;以拟南芥为例&＃xff0c;每款软件预测的环状RNA数量如下

通过导航栏的Browse菜单&＃xff0c;可以浏览不同物种环状RNA的记录&＃xff0c;示意如下

拟南芥共收录了4916个环状RNA,结果示意如下

点击环状RNA的name,可以查看详细信息&＃xff0c;示意如下

通过导航栏的Visualize菜单&＃xff0c;可以通过可视化的方式查看环状RNA的结构&＃xff0c;示意如下

除了染色体位置&＃xff0c;来源基因&＃xff0c;序列等基本信息外&＃xff0c;该数据库还提供了circRNA-miRNA-mRNA的ceRNA调控网络信息&＃xff0c;通过菜单栏的Network菜单&＃xff0c;可以查看特定环状RNA的调控网络&＃xff0c;结果示意如下

更多的功能请移步官网详细探究。

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