perl程序执行查找指定id的fasta序列

本程序用于查找指定序列id的fasta序列&＃xff0c;基本思路就是将需要查找的fasta文件序列id存入一个哈希&＃xff0c;然后遍历目标fasta文件&＃xff0c;进行查找。

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;my $target_ids;
my %id;
my $num;
open IN1,$ARGV[0] || die $!;##目标id文件
open OUT,">$ARGV[2]" || die $!;##输出文件名称
while () {chomp;##目标序列id先存入哈希$id{$_} &＃61; 1;}
open IN2,$ARGV[1] || die $!;##待查找的fasta文件
while () {chomp;if (/^(>.*)/) {$num &＃61;0;if (exists $id{$1}){print OUT"$1\n";$num &＃61;1;}
}
else {if($num &＃61;&＃61;1) {print OUT"$_\n";}}
}
close IN1;
close IN2;
close OUT;