作者：作祟椰 | 来源：互联网 | 2023-09-13 13:07
CC++的速度是Python和perl所无法比拟的，尤其对于处理超大的生物信息学文件来说。最近在写一个最简单的fastqcut工具，Python简直慢到不能忍，8G的fastq.gz文件的cut
C/C++的速度是Python和perl所无法比拟的，尤其对于处理超大的生物信息学文件来说。
最近在写一个最简单的fastq cut工具，Python简直慢到不能忍，8G的fastq.gz文件的cut需要6-7个小时，而C++则只需要15-20min，简直就不在一个量级。
当然，听说Python有个cpython机制，可以加快速度，但和纯C++还是有差距的。
C++的编译比较复杂，这里只能做个入门的介绍。
在linux环境下编译C++ 程序
g＋＋编译命令选项
学习linux之 gcc/g++常用的命令行编译指令
Makefile机制
Linux的库好复杂，现在都没搞懂。
export SOFTWARE=software
export PATH=$SOFTWARE/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$SOFTWARE/lib64:$SOFTWARE/lib:/usr/lib64:/lib64:$LD_LIBRARY_PATH:$SOFTWARE/opt/lib
export LD_RUN_PATH=$SOFTWARE/lib:$LD_RUN_PATH
export CPATH=$SOFTWARE/include:$CPATH #include path for gcc
export LIBRARY_PATH=$SOFTWARE/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=$SOFTWARE/share/man:$MANPATH
export PKG_CONFIG_PATH=$SOFTWARE/lib64/pkgconfig/:$SOFTWARE/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH
# export PERL5LIB=$SOFTWARE/lib/perl5:$SOFTWARE/lib/perl5/site_perl/5.8.8:$PERL5LIB
LD_LIBRARY_PATH，configure的时候要依赖很多so动态库，需要加载。
configure机制
京公网安备 11010802041100号