linux基因组字符替换,基因组版本转换工具liftover

前言

Liftover是UCSC中用于基因组版本之间转换的一个工具&＃xff0c;既可以做某一物种内基因组版本的转换&＃xff0c;还可以做物种间基因组版本的转换。

UCSC提供了两种操作方式&＃xff0c;既提供了网页版&＃xff0c;还提供了linux上的版本。

1、网页上操作相对来说比较简单&＃xff0c;首先需要选择几个重要的参数。

包括输入文件的物种&＃xff0c;基因组版本号&＃xff0c;输出文件的物种&＃xff0c;版本号信息&＃xff0c;如果下拉菜单中没有此物种的信息&＃xff0c;则证明不能转换。

这个参数为映射的最小比率&＃xff0c;默认为0.95。

输入文件要求是bed格式或者chrN:start-end格式&＃xff0c;既可以复制文件内容到界面的输入框中&＃xff0c;也可以提交bed格式的文件或chrN:start-end格式的txt文件。

转换成功之后会提示类似以下内容的信息&＃xff0c;点击蓝色链接可以下载转换后的文件。

2、如果需要转换的文件较多&＃xff0c;可以下载linux版本的liftover软件进行批量处理。使用以下命令可以下载liftover软件&＃xff1a;

wgethttp://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver

如果你需要在linux系统操作liftover 这个工具&＃xff0c;同时还需要下载坐标注释文件http://hgdownload.cse.ucsc.edu/downloads.html#liftover。我下载的是hg38版本转hg19版本http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/liftOver/hg19ToHg38.over.chain.gz。

-minMatch&＃61;0.N map的最小比率&＃xff0c;默认为0.95。

Hg38_CpG.bed是转换成功的文件,而unmap是转换失败的信息。

3、liftover现在也可以在R版本上进行基因组版本的转换了&＃xff0c;操作起来也十分简单。以下命令可以加载liftover的R包。

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("rtracklayer")

library(rtracklayer)

使用Granges参数把数据转化为固定的格式

Hg19

Hg19

使用下面的命令可以进行基因组版本的转换。

hg38 &＃61; liftOver(hg19, chain)

hg38 &＃61;unlist(hg38)

之后把结果读出来就可以了。

希望这次报道对大家有所帮助&＃xff01;