gffread处理工具

GFF/GTF格式

01 格式

1.GFF&＃xff08;general feature format ): 通用特征格式&＃xff0c;格式由每个特征一行组成&＃xff0c;每行包含9 列数据&＃xff0c;以及可选的轨道定义行&＃xff1b;
2.GTF&＃xff08;gene transfer format ): 通用传输格式&＃xff0c;与GFF版本2相同。

02 功能

1.GFF用来注释基因组
2.GTF用来注释基因&＃xff0c;比如基因在染色体上的位置&＃xff08;coordinate&＃xff09;及这段区间的其他信息
3. GTF文件和GFF文件都是由9列信息组成&＃xff0c;并且这两种文件的前8列基本上是相同的&＃xff0c;最后一列信息显示不一致。

GTF的第九列&＃xff0c;通常为&＃xff1a;
gene_id “At1g00001”; transcript_id “At1g00001.1”;

而GFF的第九列&＃xff0c;通常还可以增加一些其他信息&＃xff0c;通过分号分割
ID&＃61;mrna001;Name&＃61;abc
ID&＃61;exon1;Parent&＃61;mrna001
ID&＃61;exon2;Parent&＃61;mrna001

gffread

01 软件介绍

gffread可用于验证、过滤、转换和对 GFF 文件执行各种其他操作&＃xff0c;gffread是Cufflinks里面的一个子工具&＃xff08;TopHat&＃43;Cufflinks来用于转录组的组装&＃xff0c;但HISAT2&＃43;Stingtie搭配使用效果更好&＃xff0c;所以这里不介绍Cufflinks软件&＃xff09;。

02 安装
conda install -c bioconda gffread

03 用法&＃xff1a;

gffread [-g |