c++根据点组绘制图形_R语言统计与绘图：绘制不同坐标轴置信区间的森林图

今天继续来学习下复杂点的森林图绘制&＃xff0c;如下图所示&＃xff0c;相同变量&＃xff0c;不同置信区间&＃xff0c;不同坐标轴。

今天来学习在R中怎么绘制上面这种森林图。

目  录

• 1. 安装和加载R包

• 2. 读取数据

• 3. 数据处理

  • 3.1 定义亚组

  • 3.2 转换数据格式

• 4. 绘制森林图

• 5. 使用PS合并森林图

  • 5.1 用PS打开PDF

  • 5.2 创建新文档

  • 5.3 复制图形到新文档上

  • 5.4 删除文字内容

  • 5.5 调整图形位置

  • 5.6 保存图形

• 6. 使用AI合并森林图

  • 6.1 用AI打开PDF

  • 6.2 移动图形到一张画板上

  • 6.3 删除文字内容

  • 6.4 调整图形位置

  • 6.5 保存图形

1. 安装和加载R包

forestplot包是基于rmeta包的forestplot函数创建的&＃xff0c;但是功能更强大&＃xff0c;可以对同一标签添加多个置信区间。

install.packages("forestplot")  #安装forestplot包 library(forestplot)  # 加载包 

2. 读取数据

以前面推文的数据为例&＃xff0c;将数据录入到Excel中&＃xff0c;录入数据格式如下图所示&＃xff1a;

library(readxl) # 使用RStudio软件的导入数据功能 
forest "forest.xlsx") 
View(forest) # 预览数据 


3. 数据处理

3.1 定义亚组

在论文图片中&＃xff0c;为了区分以及显示的更清楚&＃xff0c;亚组一般会向前缩进两个空格。

subgps 3,4,7,8,11,12,15,16,19,20,23,24,25,26) 
# 指定要缩进的亚组&＃xff0c;此处向量中的数字表示亚组的行数
forest$Variable[subgps] "    ",forest$Variable[subgps])  
# 亚组前添加两空格
View(forest) # 预览数据看看有没有添加空格


3.2 转换数据格式

attach(forest)  # 绑定数据框  
labeltext 1]) 
# 将forest数据框的第1列转换为矩阵
# 以矩阵形式将文本数据导入函数


4. 绘制森林图

今天要绘制的森林图为相同变量&＃xff0c;不同置信区间&＃xff0c;每个置信区间的坐标轴还不一样。在forest包没找到一次性出图的办法&＃xff0c;可以考虑先分别绘制每张森林图&＃xff0c;导出PDF后再在AI或PS软件中进行合并。

根据示例数据所示&＃xff0c;我们要先分别绘制三张森林图&＃xff0c;导出PDF格式图形。

# 设置导出图形为PDF格式&＃xff0c;命名为forestplot1。
pdf("forestplot1.pdf", width &＃61; 8, height &＃61; 6.0)# 绘制图形
forestplot(labeltext,  # 图形文本部分 
           mean &＃61; HR,  # 图形 HR 部分 
           lower &＃61; Lower, # 95%CI下限           
           upper &＃61; Upper, # 95%CI上限
           zero &＃61; 1.0, # 设置无效线的横坐标
           xlab &＃61; "", # 设置x轴标题 
           xticks &＃61; c(0.5,1.0,1.5,2.0,2.5),  # 设置x轴刻度ticks
           boxsize &＃61; 0.3, # 设置Box的大小&＃xff0c;保持大小一样
           graphwidth &＃61; unit(0.25, "npc"),
           ci.vertices &＃61; TRUE,  # 森林图置信区间两端添加小竖线&＃xff0c;默认FALSE
           ci.vertices.height &＃61; 0.2, # 设置森林图置信区间两端小竖线的高度&＃xff0c;默认0.1
           align &＃61; "l",  # 文字对齐方式&＃xff0c;"l"、"r"和"c"分别为左对齐&＃xff0c;右对齐和居中对齐
           txt_gp &＃61; fpTxtGp(label &＃61; gpar(cex &＃61; 1.0), # 设置文本字体大小
                            ticks &＃61; gpar(cex &＃61; 1.0), # 设置坐标轴刻度大小
                            xlab &＃61; gpar(cex &＃61; 1.0))) # 设置坐标轴标题大小
dev.off()

如上图所示&＃xff0c;我们根据代码已经绘制了第一张森林图&＃xff0c;后面两张森林图也根据上述代码绘制&＃xff0c;不过需要修改部分参数。修改参数如下&＃xff1a;

# 第二张森林图
pdf("forestplot2.pdf", width &＃61; 8, height &＃61; 6.0)
mean &＃61; HR1  
lower &＃61; Lower1            
upper &＃61; Upper1 # 第三张森林图
pdf("forestplot3.pdf", width &＃61; 8, height &＃61; 6.0)
mean &＃61; HR2 
lower &＃61; Lower2           
upper &＃61; Upper2# 其他参数根据需要酌情修改。

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5. 使用PS合并森林图

5.1 用PS打开PDF

将3张PDF格式图形分别用PS打开&＃xff0c;在打开时选择分辨率&＃xff0c;一般设置为600分辨率。

5.2 创建新文档

在创建新文档之前查看每一张PDF森林图的宽度和高度。点击PS软件菜单栏的图象-图象大小查看。

森林图的宽度为12.65厘米&＃xff0c;高度为14.24厘米&＃xff0c;我们要横着合并图形&＃xff0c;3张图则37厘米多。

5.3 复制图形到新文档上

创建好新文档后&＃xff0c;界面分别移动到三张图上&＃xff0c;使用快捷键Ctrl&＃43;A全选&＃xff0c;Ctrl&＃43;C复制&＃xff0c;在新文档上使用Ctrl&＃43;V粘贴图形。

如上所示&＃xff0c;将三张图形移动到了新文档中&＃xff0c;通过移动工具调整图形的摆放顺序。

5.4 删除文字内容

选中不同的图层&＃xff0c;使用矩形选框工具&＃xff0c;分别选中第2张、第3张森林图的文字部分&＃xff0c;使用delete键删除文字内容。

5.5 调整图形位置

删除文字内容后&＃xff0c;分别选中第2张、第3张森林图&＃xff0c;配合shift键调整两张图形的位置。

5.6 保存图形

如上图所示&＃xff0c;图形合并好了&＃xff0c;先通过裁剪工具裁剪不必要的部分&＃xff0c;还可以通过图象-图象大小调整输出图象的大小。

通过文件-存储为-选择TIFF格式保存图形。

选择图象压缩类型为LZW&＃xff0c;图层压缩选择扔掉图层并存储拷贝&＃xff0c;点击确定输出图形。

6. 使用AI合并森林图

6.1 用AI打开PDF

将3张PDF格式图形分别用AI打开&＃xff0c;如下图所示&＃xff1a;

6.2 移动图形到一张画板上

在第1张图形上&＃xff0c;用鼠标选中所有的图形元素&＃xff0c;使用快捷键Ctrl&＃43;G将所有图形元素编组。第2张、第3张图形同样操作。

使用快捷键ctrl&＃43;C复制第二张、第三张图&＃xff0c;ctrl&＃43;V粘贴这两张图形到第1张图形上。

6.3 删除文字内容

使用画板工具调整画板大小&＃xff0c;使用Ctrl&＃43;Shift&＃43;G快捷键取消第2张、第3张的图形编组&＃xff0c;然后鼠标选中第2张、第3张图形的文字部分&＃xff0c;然后使用Delete删除掉。

6.4 调整图形位置

删除掉文字部分后&＃xff0c;使用鼠标分别选中第二张、第三张的图形部分&＃xff0c;然后使用快捷键Ctrl&＃43;G将图形部分编组&＃xff0c;调整移动这两张图形的位置。

6.5 保存图形

如上图所示&＃xff0c;使用画板工具调整画板的大小。

调整好大小以后&＃xff0c;通过文件-存储为-选择EPS格式保存为EPS格式图形。

还可以选择文件-导出-导出为-选择TIFF格式保存为TIFF格式&＃xff0c;在导出时可以选择图形的分辨率。

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