1 下载、安装、编译 QTLtools
下载、解压 QTLtools:
wget https://qtltools.github.io/qtltools/binaries/QTLtools_1.3.1_source.tar.gz
tar xzvf QTLtools_1.3.1_source.tar.gz
cd qtltools/
在编译QTLtools之前需要添加library,如下步骤所示:
1.1 添加BOOST_INC
和BOOST_LIB
先查询program_options.hpp
和libboost_program_options.a
文件:
find / -name "program_options.hpp" 2>test
find / -name "libboost_program_options.a" 2>test
对于以上搜寻的结果,假如返回以下路径:
- /usr/include/boost/program_options.hpp
- /path/lib/libboost_program_options.a
则把以上路径加入到BOOST_INC
和BOOST_LIB
中:
BOOST_INC=/usr/include
BOOST_LIB=/path/lib
1.2 添加RMATH_INC
和RMATH_LIB
先安装R:
wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.2.2.tar.gz
tar xzvf R-3.2.2.tar.gz
cd R-3.2.2/
./configure
cd src/nmath/standalone/
make
安装成功后,会生成如下信息:
假如libRmath.a
在/path/R-3.2.2/src/nmath/standalone
路径下,则把以下路径加入到RMATH_INC
和RMATH_LIB
中:
RMATH_INC=/path/R-3.2.2/src/include
RMATH_LIB=/path/R-3.2.2/src/nmath/standalone
1.3 添加HTSLD_INC
和HTSLD_LIB
下载、安装htslib-1.3.1.tar.bz2
wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.3.1/htslib-1.3.1.tar.bz2
tar xjvf htslib-1.3.1.tar.bz2
cd htslib-1.3.1/
./configure
make
安装成功后,显示如下信息:
假如文件libhts.a
位于/path/Libraries/htslib-1.3.1/
路径中,则把该路径加入到HTSLD_INC
和HTSLD_LIB
中:
HTSLD_INC=/path/Libraries/htslib-1.3.1
HTSLD_LIB=/path/Libraries/htslib-1.3.1
1.4 将以上路径全部加入到QTLtools的Makefile文件中
准备好以上的路径后,返回QTLtools的路径。在QTLtools路径下找到Makefile
文件。
输入vi Makefile
,可以看到这几个路径是空的:
现在我们的任务就是将步骤1.1-1.3的路径加入到这个文件中,效果如下:
随后退出、保存文件。
输入如下命令:
make
make DESTDIR=/install/directory install
- 指定安装路径为/install/directory(请根据需要设置自己的路径,不要照搬我的)
编译成功的话,输入QTLtools --help
会显示如下界面:
致谢橙子牛奶糖(陈文燕),请用参考模版:We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX
感谢小可爱们多年来的陪伴, 我与你们一起成长~