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下载、安装、编译QTLtools

1下载、安装、编译QTLtools下载、解压QTLtools:wgethttps:qtltools.github.ioqtltoolsbinariesQTLtoo
1 下载、安装、编译 QTLtools

下载、解压 QTLtools:

wget https://qtltools.github.io/qtltools/binaries/QTLtools_1.3.1_source.tar.gz
tar xzvf QTLtools_1.3.1_source.tar.gz
cd qtltools/

在编译QTLtools之前需要添加library,如下步骤所示:

1.1 添加BOOST_INCBOOST_LIB

先查询program_options.hpplibboost_program_options.a文件:

find / -name "program_options.hpp" 2>test
find / -name "libboost_program_options.a" 2>test

对于以上搜寻的结果,假如返回以下路径:

  • /usr/include/boost/program_options.hpp
  • /path/lib/libboost_program_options.a

则把以上路径加入到BOOST_INCBOOST_LIB中:

BOOST_INC=/usr/include
BOOST_LIB=/path/lib

1.2 添加RMATH_INCRMATH_LIB

先安装R:

wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.2.2.tar.gz
tar xzvf R-3.2.2.tar.gz
cd R-3.2.2/
./configure
cd src/nmath/standalone/
make

安装成功后,会生成如下信息:

假如libRmath.a/path/R-3.2.2/src/nmath/standalone路径下,则把以下路径加入到RMATH_INCRMATH_LIB中:

RMATH_INC=/path/R-3.2.2/src/include
RMATH_LIB=/path/R-3.2.2/src/nmath/standalone

1.3 添加HTSLD_INCHTSLD_LIB

下载、安装htslib-1.3.1.tar.bz2

wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.3.1/htslib-1.3.1.tar.bz2
tar xjvf htslib-1.3.1.tar.bz2
cd htslib-1.3.1/
./configure
make

安装成功后,显示如下信息:

假如文件libhts.a 位于/path/Libraries/htslib-1.3.1/路径中,则把该路径加入到HTSLD_INCHTSLD_LIB中:

HTSLD_INC=/path/Libraries/htslib-1.3.1
HTSLD_LIB=/path/Libraries/htslib-1.3.1

1.4 将以上路径全部加入到QTLtools的Makefile文件中

准备好以上的路径后,返回QTLtools的路径。在QTLtools路径下找到Makefile文件。

输入vi Makefile,可以看到这几个路径是空的:

现在我们的任务就是将步骤1.1-1.3的路径加入到这个文件中,效果如下:

随后退出、保存文件。
输入如下命令:

make
make DESTDIR=/install/directory install

  • 指定安装路径为/install/directory(请根据需要设置自己的路径,不要照搬我的)

编译成功的话,输入QTLtools --help会显示如下界面:



致谢橙子牛奶糖(陈文燕),请用参考模版:We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX

感谢小可爱们多年来的陪伴, 我与你们一起成长~


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Y死一般的痛过
这个家伙很懒,什么也没留下!
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