作者:王建毓桂恩佳士 | 来源:互联网 | 2023-01-31 15:13
我正在使用pheatmap
(文档)绘制热图。我正在以一种非常简单的方式绘制矩阵:
pheatmap(mat, annotation_col=df, labels_col=rld$Infection_Line, fontsize_row=5, fontsize_col=7)
我的图的底部被截断,因此我无法在底部看到列名称。看起来像这样:
请注意,这不是热图2。
我已经尝试过这个问题和这个问题的解决方案,以及我可以通过google和此功能的文档找到的其他东西。
我尝试使用par()和oma()以及cexRow增加边距。
margins=(x,y); par(mar=c(1,2,3,4)); par(oma=c(1,2,3,4))
对情节没有影响。
我需要这样做,以便我可以看到这些长列名称而不会减小我的绘图大小。我只想扩大底部的边距。
1> Adam Price..:
我已经弄清楚了,希望将来有人遇到这个问题会有所帮助。
当您使用pheatmap的labels_col =参数时,会发生这种情况。在我的场景中(这是一个使用DESeq2的RNA-seq项目),有一个目标文件标识了样本(列),但是对于我的列标签,我使用了不同的列,因此标签更易于理解,因此我使用了
labels_col=myThing$ThisOtherColumn
另一列实际上是一个包含字符和数字的字符串,但由于某种原因,它被作为整数向量读取。所以解决办法是
as.character(myThing$ThisOtherColumn)
只要给labels_col一个字符向量,它就会自动调整列。