作者:随意 | 来源:互联网 | 2023-02-08 08:44
在R中使用S3或S4类时,通常将类设置为泛型my_generic
,然后对每个子类型使用点my_generic.my_type
.最近,我一直在看这种模式,但使用逗号代替句点my_generic,my_type
.问题是我无法使用帮助操作符?
或在控制台中输入函数名称,因为逗号被视为错误.有解决方法吗?我尝试过使用反引号,但它不起作用.
这方面的一个例子是包中的draw
方法ComplexHeatmap
:
methods(draw)
[1] draw.colorkey draw.details draw,HeatmapAnnotation-method
[4] draw,HeatmapList-method draw,Heatmap-method draw.key
draw,SingleAnnotation-method
做?draw.colorkey
工作,但?draw,HeatmapAnnotation-method
没有.
1> Joris Meys..:
首先,直接调用方法是非常糟糕的做法,特别是使用S4.您正在查看的"带逗号的函数"实际上是S4方法.
帮助页面
要查找帮助页面(如果存在),您可以使用如下引号:
?"draw,Heatmap-method"
但成功并不能保证.这在很大程度上取决于程序包的作者是否具有单独的方法帮助文件,或者使用了正确的别名.在这种特殊情况下,您会看到在帮助页面?draw
上,该包的作者添加了一些指向特定方法的链接.
找到所有S4方法
要仅了解所有S4方法,请使用showMethods
而不是methods
.
> library(ComplexHeatmap)
> showMethods("draw")
Function: draw (package ComplexHeatmap)
object="Heatmap"
object="HeatmapAnnotation"
object="HeatmapList"
object="SingleAnnotation"
请参阅方法的内部代码
要获得实际方法以便查看内部代码,请使用getMethod
:
getMethod(draw, signature = "Heatmap")
Method Definition:
function (object, ...)
{...
}
.local(object, ...)
}
Signatures:
object
target "Heatmap"
defined "Heatmap"
使用特定的S4方法(但不是真的)
您可以分配该调用的结果并将其用作函数:
mat = matrix(rnorm(80, 2), 8, 10)
mat = rbind(mat, matrix(rnorm(40, -2), 4, 10))
rownames(mat) = letters[1:12]
colnames(mat) = letters[1:10]
ht = Heatmap(mat)
myMethod <- getMethod(draw, signature = "Heatmap")
myMethod(ht)
但是你不应该试图直接调用方法.最后一次通话的结果完全相同
draw(ht)
所以你最好使用泛型函数,让调度完成它的工作.
@nachocab你是受欢迎的.我刚刚补充说明作为未来读者的警告.在我看到评论中提到`get`和`do.call`之后,我想确保人们不会认为直接调用S4方法甚至是远程智能的.对于S3,有些情况下需要调用方法而不是泛型,所以我可以想象人们想要尝试使用S4 :-)