Rggplot和ggsignif箱线图添加显著性差异标识

具有显著性标注的箱线图

有时候我们会看到如上图片，觉得挺好，但是如何实现呢？没有做的的时候，觉得挺难，但是真要做才发现没有那么困难？
其实做这样的图，目前R比较常用的包有两个，分别为：ggsignif和ggpubr，两者的用法大体差不多，有一些细微从差别，但是结果几乎一样。这里我用的是ggsignif，下面将介绍ggsignif的用法。

ggpubr示范结果

两种安装方式：

• install.packages(&＃8220;ggsignif&＃8221;)
• devtools::install_github(&＃8220;const-ae/ggsignif&＃8221;)

统计方法

一般根据数据是否符合正态分布，选择合适的统计方法：

参数

ggsignif包主要函数为：geom_signif()和stat_signif()，常用geom_signif()。
常用参数如下：

所有参数

geom_signif(mapping = NULL, data = NULL, stat = "signif",
position = "identity", na.rm = FALSE, show.legend = NA,
inherit.aes = TRUE, comparisOns= NULL, test = "wilcox.test",
test.args = NULL, annotatiOns= NULL, map_signif_level = FALSE,
y_position = NULL, xmin = NULL, xmax = NULL, margin_top = 0.05,
step_increase = 0, tip_length = 0.03, size = 0.5, textsize = 3.88,
family = "", vjust = 0, ...)
ggsignif使用示范：

1. 测试数据集test

test测试数据集

test数据集两列，一列是基因表达量，一列是分组。

test数据的group列

2. 差异分析分组

compaired <- list(c("a", "b"),c("a","c"),c("a","d"))


3. 画图

ggplot(test,aes(group,exp,fill=group))+geom_boxplot(Gene', y= 'Expression')+geom_signif(comparisOns= compaired,step_increase = 0.1,map_signif_level = F,test = t.test)


结果图

4. 参考博客

神奇小工具丨ggplot绘图显著性添加工具&＃8212;ggsignif