ggplot2绘制多样性指数图

今天继续来进行微生物多样性的后续分析，来绘制多样性指数图，喜欢的小伙伴可以在我的交流群中获取本文代码及数据

library(tidyverse) library(openxlsx) library(vegan) library(phyloseq) library(scales) library(ggh4x)

数据统计

转换数据格式计算simpson指数

data

Samples Type Trial Day Rep Group ReadCount Simpsons 1 Water_01_01_01_CON Rearing_Water 1 1 1 Control 70486 0.570 2 Water_01_01_02_CON Rearing_Water 1 1 2 Control 120040 0.565 3 Water_01_01_03_CON Rearing_Water 1 1 3 Control 106854 0.594 4 Water_01_01_01_TREAT Rearing_Water 1 1 1 Treatment 106047 0.591 5 Water_01_01_02_TREAT Rearing_Water 1 1 2 Treatment 138836 0.613

数据可视化

p2

image

添加实验分组色条

g

image

此图最大的缺陷也许就在于没有添加P值，分面图自定义添加P值过程比较繁琐，本人水平有限目前没有好的解决方法，此等细节还是AI来的处理效率高。希望各位老爷能够喜欢