dparsf是什么_静息态数据处理(自己整理)doumaly

Part1 数据的预处理

1、格式转换

2、去除前n个时间点的数据

3、时间层校正(Slice Timing)

4、头动校正(Realign)

5、空间标准化(Normalize)

6、平滑(Smooth)

7、去线性漂移(Detrend)

8、滤波(Filer)

一、DICOM格式——NIFTI格式。若数据遗失NIFTI格式则不用转&＃xff0c;直接在工作目录下建

立一个子文件夹“FunImg”&＃xff0c;将数据拷入其中即可

二、一般去10(8——20之间即可)&＃xff0c;由于机器刚启动等原因前面一些数据不稳定

三、Slice Timing的设置&＃xff1a;以总层数25层为例

SPM中&＃xff1a;Slice order&＃xff1a;

Reference Slice 参考层一般取中间层&＃xff0c;即第25层。因为扫描顺序为&＃xff1a;

1,3,5,7,9….,n,2,4,6,8,…n-1

DPARSF中&＃xff1a;1,3,5,7,9….,n,2,4,6,8,…n-1

四、头动校正后会在工作目录下生成Realign Parameter文件夹&＃xff0c;其中有spm….ps这个文件&＃xff0c;

用专业版的Aoboe Reader 打开可查看每个被试头动情况。或在Excludesubjects.txt文件下可查看头动数据(卡不同值时被排除被试情况)。对于患有疾病的患者&＃xff1a;一般卡3mm 和3degre&＃xff1b;而对正常人一般卡1.5mm和1.5degere或取2.

五、空间标准化即把被试的原始空间往标准空间上估计&＃xff0c;以克服不同被试的脑结构之间的差

异问题。把结构像分割得到的信息来做功能像的空间标准化&＃xff0c;有两种方式&＃xff1a;

a、使用EPI模板进行空间标准化

SPM中&＃xff1a;原始图像Source Image&＃xff1a;mean_***.img 头动校正后生成的文件&＃xff0c;为某被试各个时间点的平均像&＃xff1b;Image to write &＃xff1a;r*.img 所有头动校正后生成的文件&＃xff1b;模板图像Template Image&＃xff1a;EPI.nii &＃xff1b;Bounding box&＃xff1a;-90 -126 -72&＃xff1b;90 90 108 &＃xff1b;V oxel sizes&＃xff1a;

3 3 3。.

DPARSF中类似可设

b、使用一致分割的T1像进行空间标准化

分三部分&＃xff1a;

1、配准coregister 将结构像与功能像匹配&＃xff0c;即把被试的结构像变换到功能像空间

(被试的平均功能像)

2、分割转换后的结构像用一致的分割法则分割为灰质、白质、脑脊液。这样就

能把功能像弄到标准空间去。此过程中得到一个由功能像去往标准空间的转换

矩阵。转换矩阵会写入*_seg_sn.mat文件中。

3、标准化把转换矩阵写到功能像上去。这样就可以知道怎么从被试的原始空间