修改线上文件权限的问题

我在阿里云上的centos上，按照 https://zhuanlan.zhihu.com/p/... 页面里部署git，但是经常遇到文件或者文件夹权限的问题，比如我要对某些文件或者文件夹设置为755的权限，我本地是windows系统。现在的问题就是

windows下设置文件或者文件夹的权限经常不成功，而且，修改权限后怎么git提交呢？

如果在线上直接修改的话，那么再从本地提交的话，会导致版本不一样，git提交失败！

刚开始我是把某个文件设置为gitignore，然后整体提交项目，提交完成后再在线上创建并修改权限；但是我后来发现又有其他文件也需要修改权限，再添加到到gitignore时已经晚了。

请问我想修改线上的某个文件或者文件夹的权限，怎么弄呢？谢谢！