热门标签 | HotTags
当前位置:  开发笔记 > 运维 > 正文

无法在ubuntu服务器中安装rJava依赖项

如何解决《无法在ubuntu服务器中安装rJava依赖项》经验,谁能帮忙解答一下?

我正在尝试安装一些软件包(mailR),以便能够通过邮件将错误和消息传达给我的用户,并通过rJdbc连接到HIVE服务器,但是随着步骤的完成,安装rJava依赖关系变得越来越复杂。

第一个错误是要求rJava软件包,因此我尝试安装rJava:

install.packages("rJava")

Installing package into ‘/home/joe/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/rJava_0.9-11.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 675188 bytes (659 KB)
==================================================
downloaded 659 KB

* installing *source* package ‘rJava’ ...
** package ‘rJava’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
checking for gcc... gcc -std=gnu99
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables... 
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... yes
checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -std=gnu99 -E
checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep
checking for egrep... /bin/grep -E
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/wait.h that is POSIX.1 compatible... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking for string.h... (cached) yes
checking sys/time.h usability... yes
checking sys/time.h presence... yes
checking for sys/time.h... yes
checking for unistd.h... (cached) yes
checking for an ANSI C-conforming const... yes
checking whether time.h and sys/time.h may both be included... yes
configure: checking whether gcc -std=gnu99 supports static inline...
yes
checking whether setjmp.h is POSIX.1 compatible... yes
checking whether sigsetjmp is declared... yes
checking whether siglongjmp is declared... yes
checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/lib/jvm/default-java/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : ''
java libs   : ''
configure: error: One or more Java configuration variables are not set.
Make sure R is configured with full Java support (including JDK). Run
R CMD javareconf
as root to add Java support to R.

If you don't have root privileges, run
R CMD javareconf -e
to set all Java-related variables and then install rJava.

ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/home/jmvo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/rJava’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘rJava’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpkTvmz8/downloaded_packages’

因此,我按照root用户的指示进行了操作:

sudo R CMD javareconf

Java interpreter : /usr/lib/jvm/default-java/bin/java
Java version     : 11.0.3
Java home path   : /usr/lib/jvm/default-java
Java compiler    : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar

trying to compile and link a JNI program 
detected JNI cpp flags    : 
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-VAQCff/r-base-3.6.0=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c conftest.c -o conftest.o
conftest.c:1:10: fatal error: jni.h: No such file or directory
 #include 
          ^~~~~~~
compilation terminated.
/usr/lib/R/etc/Makeconf:167: recipe for target 'conftest.o' failed
make: *** [conftest.o] Error 1
Unable to compile a JNI program


JAVA_HOME        : /usr/lib/jvm/default-java
Java library path: 
JNI cpp flags    : 
JNI linker flags : 
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.

我检查了是否安装了Open JDK,因为许多SO答案似乎都与缺少JDK有关。

 java -version
openjdk version "1.8.0_212"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.8.0_212-8u212-b03-0ubuntu1.18.04.1-b03)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 25.212-b03, mixed mode)

可以肯定的是,尝试再次使用

sudo apt-get install openjdk-8-jdk                                                
Reading package lists... Done
Building dependency tree       
Reading state information... Done
openjdk-8-jdk is already the newest version (8u212-b03-0ubuntu1.18.04.1).
0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 74 not upgraded.

其他一些答案则建议通过apt-get这样安装rJava

 sudo apt-get install r-cran-rjava

Reading package lists... Done
Building dependency tree       
Reading state information... Done
Some packages could not be installed. This may mean that you have
requested an impossible situation or if you are using the unstable
distribution that some required packages have not yet been created
or been moved out of Incoming.
The following information may help to resolve the situation:

The following packages have unmet dependencies:
 r-cran-rjava : Depends: r-api-3.4
E: Unable to correct problems, you have held broken packages.o 

但是我使用的是R 3.6,因此不能选择返回。不能选择使用Oracle Java。许多可运行的应用程序都依赖于OpenJDK。

到目前为止没有成功。这是一个永无止境的过程。在此问题上尝试了许多SO答案都无济于事。我不仅需要rJava来发送邮件,还需要rJava上的许多其他过程,例如连接到Hive等等。

谢谢


推荐阅读
  • 为了确保iOS应用能够安全地访问网站数据,本文介绍了如何在Nginx服务器上轻松配置CertBot以实现SSL证书的自动化管理。通过这一过程,可以确保应用始终使用HTTPS协议,从而提升数据传输的安全性和可靠性。文章详细阐述了配置步骤和常见问题的解决方法,帮助读者快速上手并成功部署SSL证书。 ... [详细]
  • 本文详细介绍了在 Ubuntu 系统上搭建 Hadoop 集群时遇到的 SSH 密钥认证问题及其解决方案。通过本文,读者可以了解如何在多台虚拟机之间实现无密码 SSH 登录,从而顺利启动 Hadoop 集群。 ... [详细]
  • Linux CentOS 7 安装PostgreSQL 9.5.17 (源码编译)
    近日需要将PostgreSQL数据库从Windows中迁移到Linux中,LinuxCentOS7安装PostgreSQL9.5.17安装过程特此记录。安装环境&#x ... [详细]
  • 字符串学习时间:1.5W(“W”周,下同)知识点checkliststrlen()函数的返回值是什么类型的?字 ... [详细]
  • javascript分页类支持页码格式
    前端时间因为项目需要,要对一个产品下所有的附属图片进行分页显示,没考虑ajax一张张请求,所以干脆一次性全部把图片out,然 ... [详细]
  • 在 Ubuntu 中遇到 Samba 服务器故障时,尝试卸载并重新安装 Samba 发现配置文件未重新生成。本文介绍了解决该问题的方法。 ... [详细]
  • 在Linux系统中避免安装MySQL的简易指南
    在Linux系统中避免安装MySQL的简易指南 ... [详细]
  • 如何将TS文件转换为M3U8直播流:HLS与M3U8格式详解
    在视频传输领域,MP4虽然常见,但在直播场景中直接使用MP4格式存在诸多问题。例如,MP4文件的头部信息(如ftyp、moov)较大,导致初始加载时间较长,影响用户体验。相比之下,HLS(HTTP Live Streaming)协议及其M3U8格式更具优势。HLS通过将视频切分成多个小片段,并生成一个M3U8播放列表文件,实现低延迟和高稳定性。本文详细介绍了如何将TS文件转换为M3U8直播流,包括技术原理和具体操作步骤,帮助读者更好地理解和应用这一技术。 ... [详细]
  • 在本地环境中调试远程服务器上的网站代码执行问题,可以通过以下步骤实现:首先,在本地安装 Visual Studio 并配置远程调试工具。接着,确保服务器和本地机器之间的网络连接畅通,并正确设置防火墙规则以允许调试流量。最后,使用 Visual Studio 的远程调试功能连接到服务器,进行代码调试。这种方法不仅提高了开发效率,还减少了在服务器上直接操作的风险。 ... [详细]
  • 帝国CMS中的信息归档功能详解及其重要性
    本文详细解析了帝国CMS中的信息归档功能,并探讨了其在内容管理中的重要性。通过归档功能,用户可以有效地管理和组织大量内容,提高网站的运行效率和用户体验。此外,文章还介绍了如何利用该功能进行数据备份和恢复,确保网站数据的安全性和完整性。 ... [详细]
  • FreeBSD环境下PHP GD库安装问题的详细解决方案
    在 FreeBSD 环境下,安装 PHP GD 库时可能会遇到一些常见的问题。本文详细介绍了从配置到编译的完整步骤,包括解决依赖关系、配置选项以及常见错误的处理方法。通过这些详细的指导,开发者可以顺利地在 FreeBSD 上完成 PHP GD 库的安装,确保其正常运行。此外,本文还提供了一些优化建议,帮助提高安装过程的效率和稳定性。 ... [详细]
  • Parallels Desktop for Mac 是一款功能强大的虚拟化软件,能够在不重启的情况下实现在同一台电脑上无缝切换和使用 Windows 和 macOS 系统中的各种应用程序。该软件不仅提供了高效稳定的性能,还支持多种高级功能,如拖放文件、共享剪贴板等,极大地提升了用户的生产力和使用体验。 ... [详细]
  • 探索Web 2.0新概念:Widget
    尽管你可能尚未注意到Widget,但正如几年前对RSS的陌生一样,这一概念正逐渐走入大众视野。据美国某权威杂志预测,2007年将是Widget年。本文将详细介绍Widget的定义、功能及其未来发展趋势。 ... [详细]
  • 从0到1搭建大数据平台
    从0到1搭建大数据平台 ... [详细]
  • 本文介绍了一种在ANSI C中动态分配二维数组的方法。通过创建指针数组并为每个指针分配连续空间,可以灵活地管理内存。文章还讨论了一些常见的错误和注意事项。 ... [详细]
author-avatar
双子宝贝鱼
这个家伙很懒,什么也没留下!
PHP1.CN | 中国最专业的PHP中文社区 | DevBox开发工具箱 | json解析格式化 |PHP资讯 | PHP教程 | 数据库技术 | 服务器技术 | 前端开发技术 | PHP框架 | 开发工具 | 在线工具
Copyright © 1998 - 2020 PHP1.CN. All Rights Reserved | 京公网安备 11010802041100号 | 京ICP备19059560号-4 | PHP1.CN 第一PHP社区 版权所有