使用haploview进行LD分析

001、

软件官网：https://www.broadinstitute.org/haploview/haploview

002、测试数据

root@PC1:/home/test# ls
outcome.map outcome.ped
root@PC1:/home/test# ls
outcome.map outcome.ped ## 使用plink软件转换数据为 haploview需要的格式
root@PC1:/home/test# plink --file outcome --chr 1 --from-bp 1000000 --to-bp 2000000 --recode HV --out test 1> /dev/null
root@PC1:/home/test# ls ## 测试结果文件
outcome.map outcome.ped test.chr-1.info test.chr-1.ped test.log test.nosex

003、可以根据下面的选项设置不同的过滤标准

 出现如下界面：

003、LD、plot（出现三角不完整的原因是因为设定分析的最大距离计算LD导致的，默认500kb）

 004、导出LD分析结果

a、

b、

c、

d、

005、查看结果