使用docker文件安装R软件包

我在docker文件中使用下面的行安装了R. 请建议如何指定要在我的docker文件中安装的软件包.

RUN yum -y install R-core R-devel

我正在做这样的事情:

RUN R -e "install.packages('methods',dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')"\
    && R -e "install.packages('jsonlite',dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')" \
    && R -e "install.packages('tseries',dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')" 

这是正确的方法吗？

正如@Cameron Kerr的评论所建议的那样，Rscript不会给您带来构建失败。到目前为止，推荐的方法是按照问题的建议进行操作。

RUN R -e "install.packages('methods',dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')"
RUN R -e "install.packages('jsonlite',dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')"
RUN R -e "install.packages('tseries',dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')" 

如果您相当确定没有包装失败，请使用此一线式-

RUN R -e "install.packages(c('methods', 'jsonlite', 'tseries'),
                           dependencies=TRUE, 
                           repos='http://cran.rstudio.com/')"

编辑：如果你不使用BASE-R图像，你可以使用rocker-org的r-ver或者r-studio或tidyverse图像。这是仓库。这是一个示例Dockerfile-

FROM rocker/tidyverse:latest

# Install R packages
RUN install2.r --error \
    methods \
    jsonlite \
    tseries

该--error标志是可选的，install.packages()如果程序包安装失败（它将导致docker build命令失败），则会引发错误。默认情况下，install.packages()仅引发警告，这意味着即使Dockerfile安装失败，它也可以成功构建。

All rocker-org基本上安装了littler该install2.R功能的软件包

是的,您的解决方案应该有效.我遇到了同样的问题,并在此处找到了解决方案https://github.com/glamp/r-docker/blob/master/Dockerfile.

简而言之,使用:RUN Rscript -e "install.packages('PACKAGENAME')".我试过了它,它的工作原理.