Python中Conda使用指南

在前面《Python虚拟环境全指南》中有简单介绍下Conda虚拟环境，本章重点说明下各种操作系统中的使用指南。

1 Conda简介

• Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda是为Python程序创建的，适用于Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。

• Conda是一个包管理器；Anaconda才是一个Python发行版。虽然Conda是用Anaconda打包的， 但是它们两个的目标是完全不同的。软件发行版是在系统上提前编译和配置好的软件包集合， 装好了后就可以直接用。包管理器是自动化软件安装，更新，卸载的一种工具。Conda，有命令”conda install”, “conda update”, “conda remove”, 所以很明显， conda是包管理器。

• Anaconda 和 Miniconda。Anaconda发行版会预装很多pydata生态圈里的软件，而Miniconda是最小的conda安装环境， 一个干净的conda环境。但是，conda和Anaconda没有必然关系， 你可以不安装Anaconda的同时， 使用conda安装和管理软件。

2 安装

Anaconda是包含一些常用包的版本，Miniconda则是精简版，可根据需要选择性安装。Miniconda在安装操作上与Anaconda类似，Miniconda官网

2.1 Ubuntu安装

• 首先下载，Linux安装版本 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• 给执行权限

chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

• 运行

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

• 选择确认安装，直接回车

  

  image.png

• 选择接受license (yes)

  

  image.png

• 选择安装路径（回车默认目录）

  

  image.png

• 选择是否将conda加入环境变量
  这里如果选择yes，则会将conda设置到环境变量中。如果选择为no，则通过自定义的方式修改。

  

  image.png

  （1）如果选择yes，紧接的日志中会显示修改了.bashrc环境变量文件。

  

  image.png

  bashrc的新增内容为：

# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/home/avie/anaconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/home/ubuntu/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/home/ubuntu/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/home/ubuntu/anaconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# 

当用户登录后，命令行前面会出现(base)，说明已经进入了conda环境

(2) 选择no后，配置环境变量

vi ~/.bashrc
# 添加如下内容
export PATH=/home/ubuntu/anaconda3/bin:$PATH

这是可以进入bin目录，执行source ./activate或 . ./activate来进入conda环境。

可以将此命令改为快捷命令：alias cOndaup='. ~/miniconda3/bin/activate'

2.2 Windows安装

这里使用Anaconda举例

• 首先，还是下载软件，Anaconda官网。如果需要下载历史版，请从所有版本或清华大学开源软件镜像站下载。这里使用Anaconda3-4.2.0-Windows-x86_64.exe作为演示。

• 双击安装文件，启动安装程序

  

  image.png

• 如果系统只有一个用户选择默认的第一个即可，如果有多个用户而且都要用到 Anaconda ，则选择第二个选项

  

  image.png

• 安装设置

  

  image.png

  第一个是加入环境变量，第二个是默认使用 Python 3.5。这里一般使用默认设置。

2.3 安装结果检查

检查系统环境变量配置中，是否存在以下配置。如不存在，则可以手动配置。

D:Anaconda3
D:Anaconda3Scripts
D:Anaconda3Librarymingw-w64bin
D:Anaconda3Libraryusrbin
D:Anaconda3Librarybin

在cmd窗口执行 conda info，如果显示anaconda信息表示安装成功。

3 Conda国内源配置

无论是Anaconda还是Minicona，直接使用conda install command时会很慢，应该此时使用的国外的镜像。我们可以修改为国内镜像进行配置。

3.1 命令方式

使用命令方式配置，Ubuntu中使用终端，Windows中使用cmd。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --get channels
conda config --show channels

3.2 修改文件方式

Windows直接修改 C:Users {登录用户}.condarc文件。而Ubuntu直接修改 /home/{登录用户}/.condarc文件。

• Ubuntu:
  

  Ubuntu

show_channel_urls: true
channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
  - defaults


remote_connect_timeout_secs: 40.0
remote_read_timeout_secs: 100.0

目前测试后可用配置：

channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

remote_connect_timeout_secs: 40.0
remote_read_timeout_secs: 100.0
always_yes: true

• Windows
  

  windows

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
ssl_verify: true

4 常用指令

4.1 添加和删除频道

官方频道：

conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels genomedk

查看已经添加的channels

conda config --get channels
conda config --show channels

移除某个频道

conda config --remove channels  genomedk

4.2 进入/退出conda环境

• 进入conda环境，可以使用命令source ./activate或. ./activate。
  可以在.bashrc中添加alias 快速执行命令

alias cOndaup='. ~/miniconda3/bin/activate'

• 退出conda环境，使用命令. ./deactivate。
  可以在.bashrc中添加alias 快速执行命令

alias cOndadown='. ~/miniconda3/bin/deactivate'

4.3 安装指定软件

举例安装：django

conda install  安装指定包
conda remove  移除指定包

• 搜索需要的安装包

conda search django

• 安装包

conda install diango

• 安装完成后，可以用“which 软件名”来查看该软件安装的位置

which django

• 如需要安装特定的版本:

conda install 软件名=版本号
conda install django=3.7

这时conda会先卸载已安装版本，然后重新安装指定版本。

• 查看已安装软件

conda list

• 卸载指定软件

conda remove django

4.4 创建新的环境

以上的操作都是在base环境中，也可以新建环境。
比如在base环境中，Python版本为3.7，如果需要2.7的环境可以新建。

• 新建2.7环境

conda create --name python27 python=2.7

• 进入/退出新环境

conda activate python27
conda deactivate

• 也可以使用之前的快捷命令直接进入

condaup python27

• 删除环境

conda remove --name python27 --all

• 查看conda环境信息

conda info --envs

5 PIP方式安装

除了使用conda install command命令安装，还可以使用pip方式来安装三方库。

5.1 设置pip国内源

在linux环境下的修改方式和在windows环境下修改方式基本相同，这里简单总结一下:

• 在用户的/home/XXXX/.config目录下面创建名为pip文件夹 mkdir pip
• 在创建好的pip文件夹中创建名为pip.conf的文件cd pip ,vi pip.conf
• 在pip.conf文件中输入以下内容

唯一区别是windows配置文件的后缀是ini，而非conf

# 找到~/.pip/pip.conf,如果不存在就创建
# 加入
[global]
timeout = 10 # 设置超时，单位s
index-url =  http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/   # 指定优先下载源
extra-index-url= http://pypi.douban.com/simple/   # 第二下载源
[install]
trusted-host=   # 可能需要使用https方式通信
    mirrors.aliyun.com
    pypi.douban.com

注意：在编辑pip.conf时记得删除注释。

也可以直接使用命令添加：

(base) avie@ubuntu:~$ pip config set global.index-url http://pypi.douban.com/simple/
Writing to /home/avie/.config/pip/pip.conf

5.2 简单示例

• 临时切换源

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple pandas

• 卸载

pip uninstall XXX

• 升级pip

python -m pip install --upgrade pip

• 升级NumPy

python -m pip install --upgrade numpy(此升级不稳定 建议下载最新版执行手动安装）

• 带配置的升级

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple pyecharts==0.5.10 

• 安装具体版本

pip install xxx=1.2.3

• 查看软件包信息

pip3 show xxx

• 搜索相关包

pip search xxx

• 列出已经安装好包

pip3 list

• 批量安装

pip install -r requirements.txt

6 Pycharm中配置conda

6.1 新建项目时配置conda环境

6.2 已有项目配置conda环境

6.3 安装三方库

• 通过Pycharm来安装anaconda库，点击+号，然后搜索安装。
  

  image.png

6.3.1 发现在Pycharm中无法搜到对应的库。

6.3.2 先配置源地址

选择Manage Repositories，添加国内源

常用的国内镜像地址列表如下：

• 阿里云 http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple
• 中国科技大学 https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple
• 豆瓣(douban) http://pypi.douban.com/simple
• 清华大学 https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
• 中国科学技术大学 http://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple

6.3.3 取消Anaconda标志

经过6.3.2节配置国内源后，还是无法搜索到。经过网上查找相关资料，是Anaconda影响。
取消选取右边这个Anaconda标志，再搜索就可以了

这是选择状态

参考资料

• Anaconda安装第三方库与pip和conda 添加国内源