从R中的文件快速读取数值矩阵

我经常遇到用于R处理的大型矩阵，这些矩阵的第一行有N个列名，而其他所有行都有N + 1个独立的值，第一个是行名。分隔符可以是“，”或“ \ t”。所有值都是除列名和行名外的浮点数。

这些文件可以通过read.table（）轻松读取，但是对于4.5K列和220K行的文件则要花费数十分钟。我尝试了“阅读器”程序包，但它不支持行名，并且它抱怨所有行中的列都过多。

在这种情况下，是否有任何可用的优化方法会起作用？是否有自然支持的软件包或具有常见选项的解决方案？

您可以使用fread中的data.table。假定第一列包含行名，并为您添加一个名为V1的提取列。然后，您可以重新排列一下。

library(data.table)
write.table(mtcars,"test.txt")
data <- fread("test.txt",data.table = FALSE)


分配行名并删除列。

rownames(data) <- data[,1]
data <- data[,-1]